Die 400 Jahre aragonesisch-spanische Herrschaft schnitten Sardinien fast vollendst von jeglicher kulturellen, sozialen und intellektuellen Entwicklung Italiens ab, so daß die Entdeckung des Individuums und die Freiheit der Wissenschaft, sowie vor allem die Infragestellung der Allwissenheit der Kirche nicht stattfand.
Der spanische Klerus berfand sich zu dieser Zeit auf seinem Höhepunkt und spielte eine zentrale Rolle bei der Auslöschung von Kultur und Moral.
Auf den 1.Januar 1481 datiert man den Anfang der spanischen Inquisition auf Sardinien. Auf einem Manuskript aus den Anfängen des 16. Jh. fand man eine Liste der ersten 10 Inquisitoren, die in Cagliari tätig waren. Einer der intollerantesten Inquisitoren war im Jahre 1616 Don Diego Gamiz Ehagoyan. Er leitete ein Terrorregime und man sagt, daß er in seiner Willkür von keinem Inquisitor auf Sardinien übertroffen wurde.